De collectie is onderverdeeld in acht thema's die tezamen Zeven eeuwen geschiedenis van de Zuiderzee in beeld brengen. Deze thema's komen overeen met de vaste exposities in het binnenmuseum van het Zuiderzeemuseum in Enkhuizen.

Met dijken, watermolens en droogleggingen voerden de omwonenden van de Zuiderzee een strijd tegen het water.

De walvisvaart was een gevaarlijk maar soms winstgevend bedrijf. De jacht op walvistraan in werktuigen en prenten. 
 
Plaatsen als Marken, Hindeloopen en Volendam gelden als Typisch Hollands. Wat is dat en hoe is dat zo gekomen?

De Schepenhal van het Zuiderzeemuseum toont een rijke collectie houten visserschepen en plezierjachten.

De Noordzeevisserij op haring bracht veel welvaart en maakte Enkhuizen omstreeks 1630 tot de grootste vissersplaats van Holland.

Rond 1900 bloeide de Zuiderzeevisserij, met een vloot van circa 2000  schepen en scheepjes. 

Het belang van het vervoer over water leidde ertoe dat voor elk soort vervoer en elke route een eigen scheepstype werd ontwikkeld.

Proef de sfeer van de Peperzolder waarin de VOC haar kostbare handelswaar opsloeg.