Voor het Geheugen zijn een aantal deelcollecties van bepaalde fotografen dan wel bedrijven, instellingen of personen geselecteerd. De grootste groep foto’s is die van Woodbury & Page, in de tweede helft van de negentiende eeuw de belangrijkste commerciële fotografie-studio van Nederlands-Indië. Verder is een groep foto’s geselecteerd van C.J. Neeb van de expeditie naar Lombok in 1894.

Daarnaast zijn een aantal kleinere deelcollecties opgenomen in het Geheugen, waaronder die van:
F.W. Stammeshaus betreffende Atjeh
S. Grigorieff over Palembang
W.F. Heukelom, directeur van de Java Cultuur Maatschappij
J. Aanstoots over Soerabaja.

De bijna 3000 foto’s in het Geheugen zijn een selectie uit de collectie van het Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde (KITLV) in Leiden. Op de website van het het KITLV zijn meer dan 40.000 prenten en foto’s met beschrijvingen te bekijken.