Door de gebeurtenissen van 1672 kon de Republiek zich niet langer primair richten op zijn handelsbelangen. Vloot en leger moesten paraat blijven, al waren de kosten enorm. Vooral Frankrijk bleef een constant gevaar. Het had een belangrijk deel van de Zuidelijke Nederlanden veroverd en dreigde een directe buur van de Republiek te worden. Met de in 1678 gesloten vrede had de Republiek dit weten te voorkomen, maar sommige bondgenoten, zoals de keizer van Oostenrijk en de koning van Spanje, voelden zich hierdoor juist in de steek gelaten - zij bleven wél met Frankrijk in oorlog. Ook Willem III had in 1678 geen vrede willen sluiten, maar hij had het hoofd moeten buigen toen Holland de geldkraan dichtdraaide. De Hollandse wens tot vrede werd vooral bepaald door de druk op de economie. De stadhouder zag echter scherp in dat een vrede de ambities van koning Lodewijk niet verminderde. Lodewijk wilde nog steeds van Frankrijk het machtigste land van Europa maken en zijn grenzen uitbreiden tot aan de Rijn.

Frankrijk had veel vijanden, maar slechts weinige waren in staat effectief weerstand te bieden. Willem III kon dat wel, maar zag in dat hij dit nooit alleen kon doen. In 1688 veranderde zijn eigen positie spectaculair toen hij ook koning van Engeland werd. Willem was in 1677 getrouwd met Mary Stuart, nicht van de toenmalige koning. Nadat haar katholieke vader in 1685 koning werd en de zijde van Frankrijk dreigde te kiezen, ondernam hij in november 1688 een expeditie naar Engeland en wist hij, officieel namens zijn vrouw, de macht in handen te krijgen. Dat gaf hem veel meer armslag om Lodewijk te bestrijden.

De ‘staatsgreep' van Willem leidde nog diezelfde maand tot een oorlogsverklaring van Frankrijk aan de Republiek. Een halfjaar later sloten vrijwel alle vijanden van Lodewijk zich vervolgens in een groot verbond aaneen, ook Spanje, dat nog steeds het gezag voerde over de Zuidelijke Nederlanden. Willem stond aan het hoofd van deze coalitie. De nu volgende oorlog speelde zich vooral in de Zuidelijke Nederlanden en op zee af, voor beide partijen met wisselend succes. Zo wist Willem III in 1695 zij aan zij met de Zuid-Nederlandse landvoogd Maximiliaan Emanuel van Beieren in september de belangrijke vestingstad Namen te veroveren, die drie jaar eerder door Lodewijk was ingenomen. Een paar weken eerder hadden de Fransen op hun beurt echter de Zuid-Nederlandse hoofdstad Brussel zwaar gebombardeerd, waarbij onder meer de Grote Markt volkomen verwoest was. Uiteindelijk zou de oorlog na negen jaar in 1697 met de Vrede van Rijswijk worden afgesloten. Lodewijk erkende hierbij Willem als koning van Engeland en gaf alle veroveringen in de Zuidelijke Nederlanden aan Spanje terug. Dat was ook in het belang van de Republiek, want zo kon het zuiden als buffer blijven fungeren met Frankrijk.

In 1702 zou Willem III overlijden. Er was toen alweer een nieuwe oorlog gaande, de Spaanse successieoorlog, die tot 1713 zou duren. De Zuidelijke Nederlanden stonden hierin opnieuw centraal. Maar de invloed van de Republiek was lang niet meer zo groot als voorheen. Bovendien hadden de Staten van Holland met vier van de andere gewesten na Willems overlijden opnieuw besloten geen nieuwe stadhouder te benoemen. De Republiek trok zich steeds meer op zichzelf terug. De grote jaren waren nu echt voorbij.