Terwijl de onderhandelingen over de toekomst van de Molukse militairen nog aan de gang zijn, wordt op Ambon op 25 april 1950 de Republik Maluku Selatan (RMS) uitgeroepen.

De proclamatie van de RMS en de daaropvolgende strijd om Ambon maken dat de Molukse militairen niet meer in Indonesië willen blijven. Ze willen naar RMS-gebied of - als dat niet kan - naar Nederlands Nieuw-Guinea. Beide plaatsen zijn voor de Indonesische regering onaanvaardbaar. Uiteindelijk besluit de Nederlandse regering de groep tijdelijk naar Nederland over te brengen.