Ondanks de moeilijke omstandigheden, de bureaucratie en de hoge kosten die met uitzending vanuit Nederland gepaard gingen, heeft de Natuurkundige Commissie een omvangrijke verzameling bijeengebracht. Deze bezorgde de Leidse biologische musea een wereldnaam op het gebied van de flora en fauna van Zuidoost-Azië. Vele latere inspanningen van beide instellingen, tot en met de recente expedities, bouwen voort op de fundamenten die in de eerste helft van de negentiende eeuw werden gelegd.

Door de nauwgezette en uitgebreide wijze van verslaglegging van de werkzaamheden, van de waarnemingen in het veld en van de soortbeschrijvingen is het wetenschappelijke archief van de Natuurkundige Commissie van uitzonderlijk belang voor de verzamelde objecten-collecties. Het verzamelde materiaal biedt bovendien een fraai inzicht in de wetenschappelijke praktijk in de eerste helft van de negentiende eeuw. Het archief van de Natuurkundige Commissie is in beheer bij NCB Naturalis.