Het Joods Museum + junior verzamelt objecten en kunstvoorwerpen die een relatie hebben met de religie, cultuur en geschiedenis van de joden in Nederland en haar voormalige koloniën. De verzameling is verdeeld over de museumcollectie en de mediatheek.

De museumcollectie omvat meer dan 11.000 kunstvoorwerpen, ceremoniële objecten en historische objecten. Slechts vijf procent van deze collectie is permanent in het museum te zien. Het andere deel van de collectie verblijft in het depot en wordt soms gebruikt voor tentoonstellingen, ook in andere musea.

De mediatheek verzamelt vooral documentaire informatie maar beheert ook een collectie historische documenten en foto's. Deze collectie omvat het brede verzamelgebied van de joodse geschiedenis en cultuur in het algemeen en bestaat uit meer dan 43.000 boeken, brochures, documenten, foto’s, audio- en videomateriaal.